A l'époque où le Jura était encore soumis à l'autorité du canton de Berne, de 1815 à 1978, les Franches-Montagnes étaient déjà un district et Saignelégier en était le chef-lieu. A la tête du district, se trouvait un préfet, représentant du pouvoir bernois. Aujourd'hui, cette forme d'organisation a disparu.