Chef-lieu

Saignelégier se situe au coeur même des Franches-Montagnes, sur l'axe Delémont -  La Chaux-de-Fonds. Du chef-lieu franc-montagnard, on peut également gagner le grand village de Tramelan, au sud ou encore Goumois sur le Doubs, village frontière à cheval sur la Suisse et la France, au nord. Une ligne ferroviaire à voie étroite relie la Vallée de Delémont à l'est et l'importante métropole horlogère de La Chaux-de-Fonds, à l'ouest. Plusieurs lignes de bus permettent de se rendre à Glovelier, Lajoux, Goumois ou Tramelan.

La commune de Saignelégier comprend également les villages des Pommerats et de Goumois suite à la fusion mais aussi plusieurs hameaux et fermes isolés dont Les Cerlatez, La Theurre, Le Chaumont, Belfond, Le Theusseret,  Vautenaivre, Malnuit et Le Moulin Jeannottat. Saignelégier, de même que tout le plateau franc-montagnard, est bordé par le Doubs roulant ses eaux dans le creux d'une vallée située à 500m d'altitude.

Il n'y a pas d'autre cours d'eau, d'où l'architecture des fermes, basses pour se protéger du froid hivernal et couvertes de toits immenses pour récolter l'eau de pluie nécessaire à la vie des gens et des bêtes.

En revanche, en sous-sol, on trouve de nombreux cours d'eau dans le terrain karstique reconnaissables, en surface, par les nombreux affaissements naturels appelés "emposieux". Une de ces sources souterraines permet à Saignelégier de s'alimenter en eau d'une excellente qualité.