A l'époque où le Jura était encore soumis à l'autorité du canton de Berne, de 1815 à 1978, les Franches-Montagnes étaient déjà un district et Saignelégier en était le chef-lieu. A la tête du district, se trouvait un préfet, représentant du pouvoir bernois. Aujourd'hui, cette forme d'organisation a disparu.
Avec l'entrée en souveraineté du canton du Jura, le plus grand village du plateau franc-montagnard a vu son rôle de capitale régionale se renforcer. En effet, Saignelégier a largement bénéficié de la politique de décentralisation prônée, à l'époque, par les autorités jurassiennes. Outre la recette de district, l'office des poursuites, un poste de gendarmerie et d'autres institutions propres au fonctionnement administratif du district, Saignelégier abrite également le siège de l'Office des assurances sociales du canton ainsi que celui de l'Etablissement cantonal d'assurance immobilière et de prévention (ECA). Ces différents services assurent un nombre non-négligeable de postes de travail dans une région quelque peu à l'écart des grands axes de développement économique.
Dès le 1er janvier 2009, les communes de Saignelégier, Les Pommerats et Goumois ont fusionné. La surface de la nouvelle commune est de 3'175 ha (Saignelégier 1'167 ha, Les Pommerats 1'161 ha, Goumois 847 ha).
Les origines de ces trois villages :
En 1382, le village s'appelait Sonnelegilier, en 1454 Saigneligier, avant de devenir l'actuel Saignelégier. Erigé en paroisse en 1629, il a été chef-lieu de district à partir de 1815. Les armoiries de Saignelégier, les mêmes que celles du district , sont d'or avec un miroir d'argent bordé de sable, placé sur six montagnes de gueules posées trois sur trois. Il s'agit de l'ancien blason des nobles du Spiegelberg dont les restes du château sont encore visibles au Rocher des Sommêtres, à 2,5 km de Saignelégier.
Localité mentionnée pour la première fois en 1337 sous le nom de Bresseler Wald et en 1370 sous le nom Pomerats. Les armoiries sont un pommier posé sur un mont où coule une rivière.
Il est le seul village franc-montagnard ayant connu un véritable régime féodal : La Seigneurie de Franquemont, dont le château, construit en 1305 et détruit en 1677 se dressait sur la colline de Franquemont. Ce n'est qu'en 1780 que le village de Goumois fut séparé en deux par le roi de France et le Prince-Evêque de Bâle qui décidèrent que le Doubs formerait désormais frontière entre les deux Etats. Les armoiries représentent deux truites surmontées d'une étoile.